Rのアップグレード（レポジトリから）

ここを参照させていただきました。

/etc/apt/sources.listに以下を追記
deb http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/ubuntu precise/
（preciseはubuntu 12.04のこと)

公開鍵のインポート
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

あとはアップデートするだけ。
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

無事、2.14から3にアップグレードできました！が、パッケージが全部いなくなってしまったのでインストールし直します・・・

とりあえず空間解析系はこれで一括インストールする。
install.packages("ctv")
library(ctv)
install.views("Spatial")